正常情况下，子宫内膜覆盖于子宫体腔面，如因某种因素，使子宫内膜在身体其他部位生长，即是子宫内膜异位症。目前对于本病主要治疗方法有激素治疗，手术治疗和放射治疗，这里主要介绍手术治疗。
手术治疗为子宫内膜异位症的主要方法因为在直视下可以基本上明确病灶范围和性质，对解除疼痛，促进生育功能效果较好疗程短尤其对重症者，纤维化多，粘连紧密药物不易奏效。较大卵巢内膜样囊肿，药物治疗无效手术尚有可能保留有效卵巢组织。手术可分为保守性手术，半根治性手术和根治性手术3种
（一）保守性手术：主要用于年轻有生育要求者。保留子宫及附件（尽量保留双侧），只是切除病灶分离粘连，重建卵巢，修复组织近年来应用显微外科手术，切除异位病灶，仔细缝合创面重建盆腔腹膜，仔细止血，彻底冲洗使手术效果臻于完善，提高手术后妊娠成功率，降低复发率
1.腹腔镜手术：通过腹腔镜检查，可明确诊断，可用特种设计的刀剪、钳等进行病灶切除，分离粘连在腹腔镜下可用CO2激光器或氦-氖激光器烧灼病灶，即在耻骨联合上2cm处做第二切口，激光刀通过这切口的套管进入盆腔在腹腔镜直视下烧灼病灶。也可经腹腔镜穿刺吸出囊液，再用生理盐水冲洗然后注入无水乙醇5～10ml，固定5～10分钟后吸出，最后用生理盐水冲洗后吸出。
在腹腔镜下还可行输卵管通液检查 。
2.B超下行卵巢内膜样囊肿穿刺术：对手术剥离术后或腹腔镜下穿刺后复发病例，可考虑超声下穿刺术及药物治疗。
3.剖腹保守性手术：用于较严重病灶粘连患者，尤其是无腹腔镜设备医疗机构或腹腔镜掌握不熟练者，皆可实行剖腹手术分离粘连挖除卵巢子宫内膜样囊肿，尽可能保留正常的卵巢组织，如病灶仅限于一侧且较重另一侧正常，有人主张将病侧附件切除。这样做妊娠率较保留病侧卵巢后的妊娠率高还可做简单子宫悬吊术。是否做骶前神经切除值得商榷。
保守手术的重要目的之一为希望妊娠足月分娩，故术前应对夫妇双方进行彻底的不孕检查。术后复发者仍可再次采用保守手术仍可获得疗效。
（二）半根治手术：无生育要求病灶严重，而年龄较轻者（＜45岁），可行子宫和病灶全切但尽可能保留一侧正常的卵巢组织，以避免绝经期症状过早出现。一般认为半根治术后复发率低后遗症少。切除子宫可去除具有活力的子宫内膜细胞种植的来源，从而可减少复发机会但因保留了卵巢仍有可能复发。
（三）根治性手术：年龄接近绝经期尤其病情重，有过复发者，应实行全子宫及双侧附件切除手术时尽可能避免卵巢内膜囊肿破裂。囊液流出时应尽快吸尽，冲洗术后出现更年期综合症者，可用镇静剂及尼尔雌醇。
腹壁会阴切口处发生子宫内膜异位症者，应彻底切除，否则会复发。
子宫内膜异位症患者常合并排卵功能障碍故不论采用激素治疗或保守性手术治疗，皆可用HMG或/及克罗米芬促卵泡成熟排卵。
如为不育而实行保守手术治疗者可应用激素治疗3～6个月以巩固疗效。但有人认为，术后1年是妊娠最易发生的时间用丹那唑或假孕治疗，反而减少受孕机会而不主张用。
