（一）子宫肌瘤
子宫有不同程度增大，尤其是壁间子宫肌瘤与子宫肌腺瘤光凭妇科检查不易区分。但子宫肌瘤无痛经史及周期性下腹痛史。
（二）慢性盆腔炎
慢性盆腔炎患者疼痛不仅限于月经期，平时亦有隐痛，且可能出现反复炎症发作史，对抗炎治疗有效，但内膜异位症抗炎治疗则无效。还需注意凡诊断为慢性盆腔炎经久治疗症状不消者，应考虑有内膜异位症之可能。
（三）盆腔恶性肿瘤
卵巢恶性肿瘤除在子宫旁扪及固定实性包块外，也可能在盆腔内触及散在转移结节，因而易于子宫内膜异位症相混；直肠内膜异位除便血外，尚可触及硬块而易误诊为直肠癌。但肿瘤患者一般体质差，病情发展迅速，疼痛为持续性，与月经周期无关。凡诊断不明确者，尤其疑有恶变者，应尽早剖腹探查明确诊断。
