阴唇或阴道脓肿可造成限局性锐痛和灼痛、宫颈炎虽然很少造成性交疼痛，但口服避孕药使用者中的发生率增高；膀胱炎尿道炎造成抽动过程中的阴道前壁疼痛；子宫肌炎造成的深部抽动时的疼痛较少见；阴道感染如滴虫、淋球菌或念珠菌所致者较常见，合盆腔炎时会造成抽动引起的下腹部疼痛；感染性或化学性外阴炎可致阴部外表面灼痛尖锐湿疣、生殖器疱诊等可造成会阴部或插入时灼痛，往往可追问出不洁性交往史；肠炎、严重痔疮、直肠阴道瘘等肛门直肠病均可造成局部或弥散性疼痛。
值得注意的是膀胱炎、盆腔炎、阴道炎等疾患常见有一定的波动性，性交疼痛也因炎症的间歇波动而呈变幻不定的变化。此外，症状持续越久，越容易引起双方的多种其他性问题，如丈夫会因此而出早泄甚阳痿，这将给治疗带来更大困难并明显影响治疗效果。
近年来通过阔韧带造影得到的输卵管结扎后出现静脉曲张状态的证据表明扩张的盆腔血管组织对性交疼痛是有一定影响的。当伴有性功能障碍时，这一综合征往往存在显著的心理因素的影响，所以应该强调对弥散性深部性交疼痛必须详细采集病史的重要性。
少数妇女出现的单侧性交疼痛往往与单侧卵巢的生理活动变化有关，即滤泡的发育、成熟与破裂，当然大多数妇女并不会觉察这些生理变化。
