治疗腹泻，最重要的是对症下药。腹泻有感染性与非感染性之分，感染性腹泻是由细菌、病毒、真菌、寄生虫等病原体引起，如菌痢、细菌性食物中毒、病毒性肠炎等；非感染性腹泻常见于受凉、消化不良、胃肠功能紊乱等。
感染性腹泻是人体自我保护的一种体现，借此可排泄掉一部分毒素，对人体有益，如果盲目止泻，对病情转归反而不利。原则上讲，止泻药只适用于非感染性腹泻，而感染性腹泻一般不用，尤其是在急性期，炎症及中毒症状（如高烧）较明显、脓血便较多时，应视为止泻剂的绝对禁忌；到了恢复期，病情明显好转，大便不带脓血，仅是水分较多时，也可短时服用止泻剂。
止泻只是一种对症治疗，病因治疗才是根本。因此，止泻补液的同时，切勿忽视对原发病的治疗。如果是感染性腹泻，应选用敏感抗生素控制感染；如果是消化不良所致，应从调理饮食入手；如果是胃肠功能紊乱引起的，可选择调节植物神经功能的药物及镇静剂等等。
止泻剂服用过量，可引起腹胀．便秘．假性肠梗阻。感染性腹泻服用止泻剂，可掩盖病情，影响医生诊断。菌痢病人服用止泻剂常影响肠道对细菌及毒素的排泄，使毒血症状加重，病程延长。溃疡性结肠炎急性期用止泻剂，可诱发中毒性巨结肠及肠穿孔。此外，复方苯乙哌啶．可待因等含有麻醉成分，长期服用可以成瘾，故须慎用。
